乙肝病毒DNa复制周期开始于共价闭合环状DNa(cccDNa)转录为前基因组RNa。cccDNa可十分稳定的存在于肝细胞核中。HBV一旦感染人体， cccDNa就难以消失。乙肝病毒携带者，肝细胞分裂为子代细胞时，cccDNa随之也复制到子代肝细胞中;而乙型肝炎病人，肝细胞大量坏死后，肝脏再生新的细胞，cccDNa就会重新感染再生细胞， cccDNa继续复制。所以HBV cccDNa很难消失。
资料表明，cccDNa的半衰期为33～70天，只要肝细胞中还存在cccDNa，乙肝病毒的复制就不会停止，即使在药物的强烈抑制下，肝细胞中的cccDNa仍然在少量复制，补充到cccDNa库中。因此停用药物后，多会恢复复制。IFNα由于有免疫调节作用，因此在停药后会有持续效应，能持续抑制cccDNa的复制，最终耗竭cccDNa库，从而使cccDNa消失。不过一般多需要较长期用药。而拉米夫定虽然在用药时对cccDNa抑制作用强，但由于它没有免疫调节作用，停药后也就没有后续效应，从而很难耗竭肝细胞内cccDNa库，因此停药后很容易复发。
CccDNa的消亡取决于感染肝细胞。慢性乙型肝炎患者，5～40%的肝细胞被感染乙肝病毒。感染肝细胞源源不断地复制cccDNa，并分泌到血清中。血清HBV DNa的转换半减期是1.2日;也就是说，血清中HBV DNa在1天以后，约有50%是新复制的病毒。正常情况下，健康肝细胞的半衰期是200余天。 而慢性乙型肝炎，在炎症活动时，肝细胞破坏、坏死较快，半衰期约为10天，因此每日可减少7%的感染肝细胞(此时如不治疗，再生肝细胞仍可被感染);如果炎症静息，肝细胞的破坏延缓，半衰期约为100天，这样每日可减少0.3%的感染肝细胞。由此可见感染肝细胞的清除是非常缓慢的，而再生肝细胞或子代细胞又被再感染，因此cccDNa很难彻底消亡，可以说，cccDNa和肝细胞是“共存亡”。尤其是炎症静息时，感染肝细胞相对长寿命，cccDNa更难清除。
在我国，慢性HBV感染很难清除，有三个原因：1、如上所述，cccDNa很难消亡。2、我国病人多位婴幼儿时期感染，在长期慢性携带后发病，都有不同程度的免疫耐受性，因此和西方病人相比，我国病人的血清抗体转换率低，复发率高。3、部分病人，HBV DNa早期整合到感染肝细胞的细胞核染色体中，成为肝细胞染色体的组成成分，此后随着肝细胞染色体的复制、分裂而复制、分裂，不能清除。
IFNα具有抗病毒作用和免疫调节作用。IFNα是通过激活抗病毒蛋白，后者再抑制乙肝病毒RNa转录而发挥抗病毒作用，实际上这也是广义的免疫调节作用。病人的基础免疫水平决
