通过腹腔镜进行抗胃酸返流手术很少会引起并发症，即使出现并发症，所需要采取的治疗方法也比较简单，且很少会引起永久性的功能障碍。
华盛顿大学医学中心的Thomas R. Eubanks博士及其同事对1993年至1999年间接受腹腔镜下抗胃酸返流手术的538名患者进行了一项回顾性调查研究，以考察在这些患者中出现的术后并发症的处理情况及预后。
研究人员将术后出现的偏离标准临床进程的任何轻微或严重状况定义为并发症。研究人员说：“轻微并发症通常不需采取侵入性的治疗方法，也不会导致永久性的功能障碍。但严重的并发症，则需要采用侵入性的治疗方法，否则有可能导致永久性功能障碍。”
